lunes, 4 de junio de 2012

tarea unuidad 8


                             INSTITUTO TECNOLÓGICO DE CIUDAD ALTAMIRANO
Que Presenta
COMO SE REALIZA  EL CONTROL DEL  GEN  BARCA -

Nombre del Alumno
luz eugenia  ruiz najera

Carrera Lic biología
                                                               
                                                 
            Ciudad ALTAMIRANO, Gro.México. 4 de junio del 2012 


INTRODUCCIÓN

Se han identificado dos genes principales de susceptibilidad: el gen BRCA1 localizado en el brazo largo del cromosoma 17 (17q21) y aislado en 1994, y el gen BRCA2, localizado en el cromosoma 13 (13q12) y aislado a finales de 1995.
El gen BRCA1 es un gen de gran tamaño. Su secuencia de 5.592 nucleótidos, repartidos en 24 exones (dos de ellos no se traducen), se extiende a lo largo de 100 Kb de DNA genómico El mRNA transcrito es de 7,8 Kb y se traduce a una proteína de 1.863 aminoácidos. El transcrito abunda en testículo y timo y está presente en mama y ovario. La confirmación de BRCA1 como un gen asociado a la enfermedad se obtuvo identificando mutaciones en familias con susceptibilidad al cáncer de mama y al cáncer de ovario ligada a 17q. Tras la localización de BRCA1, se descartó su participación en un porcentaje alto de familias sólo con cáncer de mama y en casi todas las familias con cáncer de mama masculino, sugiriéndose la existencia de un segundo gen de susceptibilidad. La búsqueda en familias sin ligamiento en 17q llevó a la localización de BRCA2 y a detección de mutaciones que interrumpían la traducción de la proteína correspondiente. El gen BRCA2 es de gran tamaño. Posee 11.385 nucleótidos, distribuidos a lo largo de unas 70 Kb de DNA genómico y está compuesto de 27 exones, el primero de los cuales no se traduce (Figura 2). El transcrito es de 10-12 Kb y se halla presente en células del epitelio mamario así como en placenta. La proteína tiene 3.418 aminoácidos

Función de las proteínas brca1 y brca2

Ambas proteínas presentan escasa homología entre sí y con otras proteínas conocidas. Brca1 presenta en el extremo N-terminal una región altamente conservada en dedo de zinc que interacciona con el DNA. Este tipo de dominios también participa en interacciones proteína-proteína. El exón 11 genera el 60 % de la proteína y contiene señales de localización nuclear, indicando su lugar de actuación en la célula, e interacciona con Rad51 (proteína de reparación del DNA), p53, Rb y c-Myc. El extremo C-terminal contiene un dominio de activación transcripcionales e interacciona con la proteína brca2 y otras. Brca1 desempeña un papel fundamental en la reparación de las lesiones del DNA y actúa en múltiples procesos: transcripción de DNA, regulación del ciclo celular, apoptosis, etc.La proteína brca2 presenta dominios de activación transcripcional, está implicada en la reparación del DNA y regula la actividad de Rad51, necesaria para la recombinación homóloga que conduce a la reparación del DNA de doble cadena.










COMO SE REALIZA  EL CONTROL DEL  GEN  BARCA EN LOS.-Transactivadores

La pérdida de integridad de las uniones intercelulares, hormonas y factores de crecimiento, los impactos ambientales como agentes químicos, radiaciones ionizantes e isquemia y el sistema inmune, son algunos de los desencadenantes extracelulares de apoptosis. Estos agentes actúan a través de receptores de membrana, receptores intracelulares o produciendo un daño directo nuclear, dando lugar a la liberación o inhibición de reacciones intracelulares que conducen a la fragmentación del material genético y a la muerte celular (Raff, 1992).
Existen decenas de genes implicados en la apoptosis, especialmente factores de transcripción, proteasas e inhibidores de proteasas. Los genes cuya expresión promueve la supervivencia celular disminuyendo la susceptibilidad a la apoptosis se llaman oncogenes, destacando entre ellos el Bcl-2, y a aquellos que inducen apoptosis se les denomina genes supresores, entre los que destaca p53 y el gen del retinoblastoma (RB).

La mutación, aumento en la expresión o ausencia de estos genes, pueden provocar un desequilibrio en el destino celular, de forma que una célula sana podría ser eliminada erróneamente, mientras que una célula con aberraciones genéticas podría quedar protegida, perpetuándose en su descendencia las mutaciones potencialmente carcinogénicas. Así, anomalías o ausencia del Bcl-2 podrían dar como resultado un acortamiento inadecuado de la supervivencia celular, o bien un incremento en la expresión produciría un alargamiento de la misma, mientras que mutaciones o ausencia de p53 producirían una ausencia de muerte celular por apoptosis.

De forma simple, nos referiremos a continuación a los genes que regulan de forma más inmediata el proceso de apoptosis inducido por la radiación y otros factores externos. Así, el daño nuclear inducido determinará la expresión de p53 y su mensaje apoptótico será alentado por Bax y contrarrestado por Bcl-2.
La p53 es una de las principales proteínas relacionadas con los mecanismos de regulación de “puntos control” o check-points del ciclo celular, que centraliza la coordinación de otros procesos relacionados con el daño celular como son la reparación de daños en las bases o roturas dobles de cadena, la progresión del ciclo celular y la muerte por apoptosis. Es comúnmente denominado el “guardián del genoma”, porque mantiene la estabilidad genética celular (Levine et al, 1991).
Su relación con el cáncer es bien conocida por la alta frecuencia de alteraciones observadas (más del 50% de los tumores muestran alteraciones en p53), como por la frecuencia de aparición de tumores en personas con mutaciones germinales de p53 (Síndrome Li-fraumeni). Además, en tumores que no muestran mutaciones del gen, la función de la proteína puede estar alterada debido a su secuestro citoplasmático por oncoproteínas virales (HPV-E6) (Morris, 2002).
Es una proteína de 393 aminoácidos cuyo gen codificador se encuentra en el cromosoma 17 y puede ser dividida en varios dominios discretos (May & May, 1999).
• En el domino N-terminal se encuentran:
-
Dominio Transactivadores (TA), en el cual las interacciones entre proteínas, facilitan o bloquean la capacidad de transactivación de p53.
- Región poliprolina, que podría mediar las funciones apoptóticas de p53 y la supresión del crecimiento celular independiente de transcripción.
-Nuclear Export Signal (NES), relacionada con el transporte de p53 desde el núcleo al citoplasma para su degradación mediada por MDM-2.
• El dominio central contiene:
- La secuencia específica de unión al DNA, que permite la unión de p53 con los sitios promotores de genes diana como p21 (WAF1/Cip1).
- Cuatro regiones conservadas que regulan las interacciones proteína-DNA.
En esta región ocurren más del 90% de las mutaciones identificadas en cánceres humanos. Algunas mutaciones limitan la actividad de transcripción de p53 y otras tienen la capacidad de transactivar genes específicos como c-Myc (proliferación celular), MDR-1 (resistencia a drogas), tolerancia al estrés celular, radioresistencia relacionada con mejoras en la capacidad de reparación del DNA o inhibición de la apoptosis (Sigal et al, 2000).
Además se producen uniones a otras proteínas, bien inhibidoras de la acción de p53 (SV40 Large T antigen protein), favorecedoras de la misma (P53BP1/2) o proteínas de reparación (BRCA1, BLM y Rad51) facilitando la reparación homóloga (HR) de las roturas dobles de cadena (dbs) del DNA inducidas por la irradiación.
• El dominio C-terminal incluye:
- Un dominio de oligomerización que permite la óptima configuración de p53 en forma de tetrámeros.
- Una región de señalización de localización nuclear (NLS) relacionada con la translocación de p53 desde el citoplasma al núcleo tras la inducción de un daño en el DNA.
- Una región de unión con secuencias no específicas de DNA y roturas dobles de cadena inducidas por radiación ionizante, permitiendo el reconocimiento del DNA dañado y favoreciendo su papel en la reparación del daño mediado por XPD, XPB, BLM, Rad51, etc. (Cuddihy and Bristol, 2004).
La regulación de p53 en condiciones basales muestra bajos niveles de la proteína (denominada “salvaje”, Wild-Type) con una vida media corta (10-20 minutos). Este rápido recambio viene controlado por la proteolisis inducida por Mdm-2. En caso de daño al DNA, p53 se acumula y se activa, desarrollándose un estrecho sistema de regulación (Ashcroft & Voudsen, 1999).
La proteína Bcl-2 consta de 239 aminoácidos y su gen codificador está en el cromosoma 18. Contiene cuatro dominios de homología estructuralmente conservados: BH1, BH2, y BH3 se requieren para interaccionar con otros miembros de la familia Bcl-2, mientras que el dominio BH4 media las funciones de control del ciclo celular. El dominio transmembranal (TM) es necesario para la localización subcelular de Bcl-2 y es de gran importancia para su función (Belka & Budach, 2002).
En condiciones normales, la expresión de Bcl-2 disminuye cuando las células están maduras o cuando tienen que ser eliminadas, mientras que se expresa en células que deben sobrevivir, como las células hematopoyéticas precursoras y las células del sistema nervioso.
Bcl-2 tiene un importante papel en la embriogénesis, donde la mayoría de las células expresan altos niveles de Bcl-2 (Jacobson et al, 1997). En general, las células que expresan Bcl-2 bloquean la apoptosis por lo que promueven la supervivencia celular, facilitando la adquisición de mutaciones y la transformación maligna (Vaux et al, 1988; Pezella & Gatter, 1995). Bcl-2 salvaje inhibe la apoptosis (Hockenbery et al, 1991) bloqueando el citocromo C liberado por la mitocondria durante la ruta de apoptosis mitocondrial (Brustugun et al, 1998).
Bax (Bcl-2 associated X protein) es una proteína cuyo gen codificador está en el cromosoma 19. Aunque posee una alta homología con la proteína Bcl-2 carece del dominio BH4. Participa en la ruta de apoptosis mitocondrial induciendo la liberación del citocromo C.
Se ha observado que Bax se asocia con el complejo del poro de la mitocondria (PT) que participa en la regulación del Ca2+ de la matriz, ph, potencial de membrana mitocondrial, etc. La proteína Bax se une a un componente de este complejo (transportador nucleótido adenina, ANT) induciendo la apertura del poro con la consiguiente rotura del potencial de membrana mitocondrial y liberación de moléculas pro-apoptóticas como el citocromo C (Marzo et al, 1998; Narita et al, 1998; Susin et al, 1999).
Bcl-2 interactúa con Bax a nivel de la mitocondria modulando la inactivación de Bax a través de la heterodimerización. Cuando la proteína Bcl-2 está en exceso forma homodímeros Bcl-2:Bcl-2 y heterodímeros de Bcl-2:Bax, quedando la célula protegida de la apoptosis pero cuando Bax está en exceso, dominan los homodímeros Bax:Bax y la célula es susceptible de apoptosis (Korsmeyer et al, 1993; Petros et al, 2004).























Potenciadores

Los potenciadores son elementos de regulación en cuya secuencia interaccionan
proteínas que transmitirán a distancia señales  de activación específica (8). Los potenciadores fueron originalmente identificados como secuencias en  cis, que pueden incrementar la transcripción de un gen, independientemente de la orientación y de la distancia a la que se encuentren en relación con el sitio de inicio de la transcripción (8).Al encontrar elementos de regulación que se podían situar a grandes distancias dentrode un intervalo que puede ir desde 200 pb hasta decenas e incluso centenas de kilo bases (kb)de los genes que están regulando, surgió el interés por comprender sus mecanismos de acción.
Dentro de las diferentes propuestas para su funcionamiento en términos del incremento en la tasa transcripciones, el grupo de Kadonaga propuso que estos elementos podrían estar incrementando la probabilidad para que un gen se active en un momento dado de la diferenciación celular (8). Lo anterior significa que el potenciador estaría logrando que un mayor número de células activen transcripcionalmente a un gen en particular, lo que se conoce como el modelo de "encendido y apagado" (8). Un modelo  alternativo sugiere que los potenciadoresaumentan los niveles transcripcionales de manera homogénea en todas las células (8).Evidencias experimentales apoyan ambos modelos por lo que en la actualidad aún no sedescifra el mecanismo in vivo de la activación a distancia por parte de un potenciador. Las evidencias experimentales apoyan la  idea de que estos elementos podrían estar
interaccionando físicamente con la secuencia promotora del gen, a través de interacciones proteína-proteína, facilitando la formación de un asa. Lo anterior traería como consecuencia la formación de un complejo transcripcionales, también conocido como holocomplejo, que facilita los procesos de la iniciación y la elongación en los que participa la RNA pol-II (3, 8). Esta interacción
podría generar modificaciones a nivel de la estructura de la cromatina y de una manera reguladacontrarrestar el efecto represivo por parte de ésta. Otra alternativa para la transcripción es la de facilitar o atraer diferentes actividades enzimáticas a la región promotora, como por ejemplo, la acetilación de histonas para relajar la estructura de la cromatina y favorecer la formación del complejo de preiniciación de la cromatina (CPT; 2, 3, 8, 9). Uno de los modelos más novedosos para el funcionamiento de un potenciador, tiene que ver con el contexto tri-dimensional del núcleo. Donde el papel de los potenciadores sería el de relocalizar a un gen de las zonas transcripcionalemente inactivas, a regiones su nucleares donde se fomenta su activación (3, 10). Hay que recordar que los modelos antes descritos no son excluyentes entre ellos y que falta mucho trabajo para lograr comprender de manera detallada sus mecanismos de acción.









domingo, 3 de junio de 2012

UNIDAD 10 TÉCNICAS DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR


                            INSTITUTO TECNOLÓGICO DE CIUDAD ALTAMIRANO
                                                    
                                                                     Que Presenta
                             UNIDAD 10 TÉCNICAS DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR
                                                                                
                                                               Nombre del Alumno
                                                             luz eugenia ruiz najera
                                                              
                                                          
                                                             Número de Control     
                                                                  08930132 
                                                            
                                                           Carrera Lic biología
                                                                         
                                                          
                                     Ciudad Altamirano, Gro.México. 3de junio del 2012   

                                                           


                           UNIDAD 10 TÉCNICAS DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR

                                                                    INTRODUCCIÓN

 La reacción en cadena de la polimerasa, ya más conocida como PCR, es una técnica que permite replicar entre cientos de miles y millones de veces, en el transcurrir de pocas horas e in vitro, pequeñas cantidades de ADN. Uno de los aportes fundamentales de esta metodología a la investigación básica en biología molecular consiste, precisamente, en la rapidez y eficiencia mediante las cuales se realiza una tarea que antes requería largas y tediosas ¡ornadas. El producto que se obtiene al finalizar la reacción -una gran cantidad de un fragmento génico con alto grado de pureza- favorece la tarea de los investigadores empeñados en ampliar nuestros conocimientos sobre la estructura y función de los genes. Por su alta sensibilidad, esta técnica permite identificar un gen a partir de un solo cabello, una célula somática o un espermatozoide. Ha facilitado, y en muchos casos hecho posible, la tarea de identificación de personas, por ejemplo de hijos de desaparecidos, mediante el análisis de muestras del niño y de su abuela materna. Entre las aplicaciones médicas de la PCR cabe destacar su aporte al desarrollo de nuevas estrategias de diagnóstico. Permite detectar agentes infecciosos como los virus de las hepatitis B y C o regiones del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana (HIV). Ha sido aplicada, por ejemplo, para diagnosticar la presencia o ausencia de HIV en recién nacidos de madres seropositivas, pues la existencia de anticuerpos maternos impide obtener resultados confiables, con los métodos convencionales, durante el primer año de vida. También ha facilitado el diagnóstico de enfermedades tales como las hemofilias A y B, la distrofia muscular y la fibrosis quística, e hizo posible reconocer mutaciones de ganes vinculadas con enfermedades oncológ icas. Su sensibilidad permite detectar poblaciones residuales de células cancerosas en pacientes sometidos a quimioterapia y de este modo se ha podido determinar, con una antelación en extremo valiosa, un nuevo avance de la enfermedad. Existen ya modos de evaluar a través de la PCR el riesgo de padecer dolencias tales como diabetes de tipo I y la enfermedad celíaca. Precisamente los autores del presente trabajo y colaboradores han obtenido, mediante el empleo de esta técnica, resultados que indican la existencia de una vinculación entre determinadas variantes genéticas y dichas enfermedades en la población argentina.
Los genes son porciones de ácido desoxirribonucleico (ADN) que tienen la información necesaria para la fabricación de los ácidos ribonucleicos (ARN) y, en última instancia, a través de éstos, de las proteínas: el ARN "copia" el mensaje contenido en el ADN y a partir de él da lugar a la correcta formación de la cadena o secuencia de aminoácidos que constituyen las proteínas.
Todos los genes están compuestos por la misma materia prima: una sucesión de nucleótidos. Cada nucleótido está formado por un grupo fosfato, un azúcar con cinco carbonos (la desoxirribosa) y una de las siguientes bases nitrogenadas: adenina, timina, guanina o citosina. Los genes no se distinguen unos de otros por tener una composición fisicoquímica muy diferente, sino por el orden o secuencia en la que estas cuatro bases se disponen a lo largo de la molécula de ADN (véase "Somera descripción del ADN. El hecho de que los genes no se distingan por su composición fisicoquímica hace prácticamente imposible aislarlos mediante el empleo de métodos bioquímicos de fraccionamiento del tipo de los usados para purificar proteínas como son, por ejemplo, la cromatografía, la electroforesis o la ultracentrifugación.
Por otra parte, cada gen es una unidad de información sin solución de continuidad respecto del resto del ADN en el que está inmerso. Esto significa que a todo gen lo preceden y suceden otras secuencias de ADN que, en general, no tienen relación con él. El gen que codifica para la insulina, por ejemplo, tiene una "longitud" de 1.700 bases y su masa representa sólo la dos millonésima parte del ADN contenido en el núcleo de una célular


Objetivo general
Conocer las diferentes técnicas de la biología molecular

Objetivo específicos
Conocer  el funcionamiento de las diferentes técnicas de la biología molecular

Metodología
Este trabajo  se realizo por medio de una investigación  documental  en diferentes fuentes   informativas


UNIDAD 10 TÉCNICAS DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR

10.1 Métodos de purificación y análisis de los ácidos nucleicos.
              
                    OBTENCIÓN DE ADN Y SEPARACIÓN DE FRAGMENTOS DE ADN.

A un laboratorio de Biología Molecular llegan  distintos tipos de muestras, cada una con sus peculiaridades a la hora de analizar y obtener su ADN. “A priori” se plantean dos situaciones diferentes. Si lo que se pretende es conocer la ubicación física del ADN/ARN de interés en un  corte histológico se deberá  proceder a estudios “in situ”, mientras que si no es necesario conocer dicha ubicación será suficiente con obtener el ADN celular en solución.
Una vez realizada la lisis, la solución de ADN obtenida no siempre es apta para utilizar en las reacciones posteriores de amplificación, restricción, marcaje o secuenciación, por lo que es conveniente por un lado separar el ADN del resto de macromoléculas que lo acompañan, preferentemente proteínas, proceso que suele realizarse con ayuda de solventes  orgánicos (fenol y cloroformo) y, por otro separar el ADN de aquellas moléculas de pequeño tamaño con actividad inhibidora presentes en la solución de ADN

En ciertos casos la simple detección del fragmento amplificado tiene valor diagnóstico por sí mismo. La metodología empleada para la detección puede ser:
1.      separación y visualización de dicho fragmento en geles adecuados de agarosa o poliacrilamida (Ej. detección de infección por virus de la hepatitis, SIDA, HPV oncogénicos...). En otros casos el valor diagnóstico se obtiene por comparación de la movilidad del fragmento en un gel, respecto a un fragmento de características conocidas (Ej. movilidad de un exon mutado del gen supresor p53 en relación al mismo exon normal...), o bien,
2.      detección del fragmento amplificado mediante ELISA con revelado colorimétrico o quimioluminiscente.
Por el contrario, en otros casos el valor diagnóstico se alcanza una vez que el fragmento amplificado se analiza mediante cualquiera de las siguientes técnicas:
 
1.      Corte con enzimas de restricción. Los fragmentos generados en la restricción se separan en geles de agarosa o poliacrilamida adecuados (Ej. Tipificación HPV, genotipado ApoE...).
2.      Hibridación.  Los fragmentos generados en el PCR se separan en  gel de agarosa, se transfieren a un soporte adecuado (nitrocelulosa, nylon), y finalmente se hibridan con un ADN sonda marcado (Ej. Tipificación de los genes HLA Clase II...).
3.      Secuenciación.  Los fragmentos generados durante la reacción de secuenciación se separan en geles desnaturalizantes de poliacrilamida (Ej. Secuenciación de genes mitocondriales mutados implicados en ciertas enfermedades...). 




10.2 Técnicas de hibridación
                                            
                                           la hibridación de acidos nucleicos
Es un proceso de unión de dos hebras complementarias de ácidos nucleicos pero cuyo origen es distinto. Una de ellas será el ácido nucleico diana y la otra será la sonda empleada para localizar ese ácido nucleico diana


Formato de hibridación
                                         TECNICAS DE HIBR IDACION

Hibridación in situ con filtro (HISF). Este método tampoco precisa de extracción de ADN y analiza muestras obtenidas por raspado o con torunda o cepillo. Las células se aplican directamente sobre un filtro el cual se trata con sustancias alcalinas para la lisis celular y la desnaturalización del ADN.
  Hibridación Southern blot (SB). Necesita de la extracción del ADN de la muestra con fenol/cloroformo y de la eliminación de ARN y proteinas de la misma por digestión enzimática. Con la aplicación de endonucleasas de restricción-la enzima Pst I es la mas utilizada, pues corta los genomas de HPVs en fragmentos de diferentes tamaños ofreciendo un patrón característico en el gel de agarosa-el ADN se rompe, realizándose una separación electroforética de los fragmentos en gel de agarosa los cuales pueden ser visualizados con bromuro de etidio.
El blot invertido (BI) es una variante del SB. El ADN celular es marcado e hibridado con con diferentes DNA-HPVs, previamente digeridos y dispuestos en un filtro. El BI requiere una reacción individual para cada especímen, de sensibilidad inferior al SB
El dot/spot blot (DB) consiste en la extracción del ADN celular total y en su desnaturalización, después se fija a una membrana por medio de presión negativa en un aparato manifold. También se puede realizar la desnaturalización en la misma membrana. Una vez realizada la hibridación se produce la autorradigrafía, si se emplearon sondas calientes o el revelado enzimático, si se utilizaron frías. Con el DB se pueden analizar de una vez mas de 100 especímenes mientras que el SB no admite mas de 15
  La hibridación sandwich (HS) no necesita extracción del ADN. Esta técnica utiliza una sonda con dos fragmentos separados, cada uno con una región complementaria con el ácido nucléico diana. Un fragmento se une al filtro y fija la secuencia específica de HPV al mismo. El segundo de los fragmentos está marcado y se fija al híbrido anclado en la membrana permitiendo su detección
La hibridación Northern se utiliza para la detcción de RNA  de HPVs. El ARN celular se extrae y se separa por medio de un gel desnaturalizante que contiene formaldehido. Seguidamente se hibridan con sondas ARN antisense o ADN
                          Detalle de la tecnica de Southern
Esta técnica fue descrita por el Dr. Southern en 1975 y constituye el método más utilizado para analizar la estructura del ADN cortado por enzimas de restricción. Para la realización de esta técnica se debe extraer ADN genómico de linfocitos de sangre periférica para conocer el genotipo normal del individuo y ADN del tejido tumoral
Después de dicha digestión, el aproximadamente millón de fragmentos de ADN obtenidos, se separan entre sí, según su tamaño , en un gel de agarosa, sometido a un campo de corriente continua en una cubeta de electroforesis
Figura 2.13. Representación esquemática de la técnica de Southern Blotting para el estudio de las secuencias específicas en el ADN genómico.
La técnica de Southern Blotting permite identificar uno o dos fragmentos de ADN de interés en el aparentemente uniforme colección de millón de fragmentos cortados con la enzima de restricción. El siguiente paso consiste en la desnaturalización de los fragmentos de cadena doble para obtener fragmentos de cadena única. Esto se logra con un bufer de Ph básico.
La molécula de cadena única es transferida desde el gel a una membrana de nilón o a papel de nitrocelulosa, ayudado por capilaridad.
La identificación de uno o más fragmentos de interés se logra con una sonda específica marcada con radioactividad o colorimetría.



                                             Figura . Técnica de Southern Blotting
10.3 Técnicas de clonación de genes.
Consiste en la obtención de un gran número de fragmentos idénticos a partir de uno original. Para ello se aísla primero el fragmento de DNA que se quiere clonar, se liga a un transportador o vector (plásmidos, fagos , cósmidos etc..) que tras introducirlo dentro de una célula va a permitir su replicación por cultivo.







 10.4 Prueba de PCR en el diagnostico de enfermedades Genéticas Por microorganismos (bacterianas, protozoarios, entre otros)

Las aplicaciones actuales de la biología molecular para el diagnóstico clínico son muy variadas:

Genética
  • Diagnóstico prenatal
  • Tipaje de HLA
  • Reordenamientos genéticos
  • Detección de esperma aneuploide
  • Creación de mapas genéticos
 
Diagnóstico Microbiológico
·        Diagnóstico rápido de infecciones víricas
·        Detección de microorganismos en células infectadas/transformadas
·        Determinación de la relación génetica entre varios tipos de microorganismos similares
·        Correlacionar la presencia/expresión de agentes virales/infecciosos en tejidos
         neoplásicos.
·        Determinar la resistencia a los antibióticos de las bacterias.
·        Epidemiología de las infecciones
·        Detectar y cuantificar microorganismos difíciles de cultivar o para los que no existen
           reactivos serológicos.
·        Detectar regiones transformantes específicas en virus
 
 
Diagnóstico y clasificación de neoplasias y establecimiento de un pronóstico
·       Detectar reordenamientos de genes
·       Detectar reordenamientos en tumores humanos con anomalías consistentes cario típicas
·       Detectar reordenamientos moleculares/anomalías de expresión genética en ausencia de alteraciones del cariotipo  
·        Estudio de la estructura/expresión de oncogenes
·        Detección de amplificación genética/resistencia a drogas
·        Diagnóstico de cell lineage en base a la expresión genética 

APLICACIONES PCR
La extraordinaria sensibilidad de la técnica de PCR, que permite detectar una copia viral en un millón de células es un arma de gran valor en la detección de infecciones HPV, especialmente en aquellas con un bajo número de copias víricas, como es el caso de la infección oculta. El problema mas importante de las técnicas de amplificación genómica es la contaminación de la reacción con ADNs extraños, en cualquiera de sus fases, produciendo resultados falsamente positivos
                               10.5 Tecnología del ADN Recombinante
                                                       Introducción
La tecnología del DNA recombínate es una técnica que ha permitido introducir material genético foráneo en un individuo, y hacer que éste organismo incorpore dicho material a su genoma y lo exprese como si fuera suyo. Esta tecnología desarrolló a partir del descubrimiento de las enzimas de y su acción sobre los ácidos nucleicos. Cuando se complementó el estudio de las enzimas de restricción con la micromanipulación
El principio de la tecnología de DNA recombínate se basa en la inserción de un fragmento de DNA foráneo en un hospedero de clonaje molecular  por medio de un vector de clonaje, como ser un virus o un plásmido.
En la actualidad existe una gran cantidad de aplicaciones de la tecnología de DNA recombinante a todo nivel. Se aplica esta técnica para la producción de vacunas, para la producción de proteínas, aminoácidos, vitaminas y ribonucleótidos y la producción de curas genéticas para algunas enfermedades, en el campo médico.
Otra aplicación de la tecnología de DNA recombinante bastante reciente, es la producción de microorganismos transgénicos para procesos de bioremediación de hidrocarburos, metales pesados como el mercurio.
           
  PRINCIPIOS DE LA TECNOLOGÍA DE DNA RECOMBINANTE
Enzimas de restricción: producción de fragmentos de DNA para recombinación
Las enzimas de restricción o endonucleasas de restricción fueron descubiertas por Werner Aber, Hamilton Smith y Daniel Nathans. Estas son enzimas sumamente específicas que catalizan la hidrólisis de los enlaces fosfodiéster de los ácidos nucleicos y son capaces de cortar ambas hebras del DNA en lugares específicos, creando de esta manera una serie de fragmentos.


         Tabla. Algunas de las principales enzimas de restricción conocidas y su origen (en base a Griffiths et al. 1998).




Enzima de restricción
Organismo de donde se extrae
EcoRI
Escherichia coli
EcoRII
Escherichia coli
HindII
Haemophilus influenzae
HindII
Haemophilus influenzae
HaeIII
Haemophilus aegyptius
HpaII
Haemophilus parainfluenzae
PstI
Providencia stuartii
Mayi
Serratia marcesens
BamI
Bacillus amyloliquefaciens
BglII
Bacillus globiggi
 Las enzimas de restricción trabajan únicamente sobre secuencias específicas de bases nitrogenadas, el lugar donde se produce el corte se denomina sitio de restricción y producen dos tipos de corte:
(1) corte con extremos cohesivos y
(2) corte con extremos romos (ver Fig. ) (Griffiths et al. 1998).


Fig.  Producción de extremos (a) cohesivos y (b) romos, por medio de enzimas de restricción en hebras de DNA.



MÉTODO



v    Inserción de los fragmentos de ADN. Esta inserción se realiza en vectores de clonado, que son los agentes transportadores capaces de introducirlos en las células hospedadoras.
Los vectores de clonación son pequeñas moléculas de ADN, que tienen capacidad para autorreplicarse dentro de las células hospedadoras.
Se utilizan con frecuencia dos tipos de vectores de clonación: plásmidos y virus. de introducirlos en las células hospedadoras.
v  Plásmidos. Son moléculas de ADN circular, con un tamaño menor que el del cromosoma. Se replican con independencia del cromosoma bacteriano ya que tienen su propio origen de replicación


v  VECTORES Y HOSPEDADORES

Los vectores son unidades de ADN que se autoreplican en un microorganismo o células humanas y los cuales pueden portar fragmentos de ADN de origen diverso. El vector debe contar con los elementos que le permitan ser replicados y mantenidos por la maquinaria celular hospedadora.

los vectores tienen diferente capacidad de portar longitudes variables de secuencias de ADN. Los cromosomas artificiales mamíferos se vislumbran como vectores de terapia genética de condiciones causada por genes mayores como el de la distrofina, cuya disfunción causa la distrofia muscular de Duchenne-Becker, gen que tiene una longitud de secuencia de 2.4 Mb (7).
TIPOS de VECTORES y HOSPEDADORES
VECTOR
HOSPEDADOR
ESTRUCTURA
CAPACIDAD kb
Plásmidos
Bacteriófagos
Cósmidos
BACs
YACs
MACs
E.coli
E.coli
E.coli
E.coli
Levadura
Células mamíferas
Plásmidos Circulares
Plásmidos Circulares
Plásmidos Circulares
Plásmidos Circulares
Cromosomas lineales
Cromosomas lineales
5-10
5-10
35-45
hasta 300
100-2000
>1000


Figura b







En la figura b, vemos como una enzima de restricción ha cortado el gen y el plásmido, quedando unos bordes cohesivos o pegajosos.


En esta secuencia de dibujos se puede ver como se realiza la inserción de un gen en un plásmido.
En la figura a tenemos un gen(color rojo) que interesa insertar en un plásmido (color turquesa)

La unión del ADN que contiene el gen que se desea clonar con el vector de clonación, se realiza por medio de otras enzimas, denominadas ADN-ligasas, que unen ambos trozos de ADN. El resultado es una molécula de ADN recombinante, ya que contiene fragmentos de ADN de distinta procedencia.


Métodos de introducción del vector. 
El siguiente paso será introducir el vector de clonación que contiene el gen que se quiere clonar en la célula hospedadora, para que ésta, al multiplicarse, origine un clon celular que lleve el gen concreto
Transformación. Ocurre espontáneamente en ciertos tipos de bacterias y se consigue artificialmente sometiendo a la célula bacteriana a tratamientos físicos y químicos.
La célula capta moléculas de ADN que se encuentran en el medio externo, las introduce en su interior y las incorpora a su genoma.
-Transducción. Este método consiste en introducir el ADN en la célula hospedadora mediante un virus, utilizando como vector de clonación el genoma del virus.
En la siguiente figura puede verse el proceso en tres etapas. El número 1 corresponde al virus aproximándose a una bacteria. Se puede observar como lleva un genoma ya con el gen que interesa clonar
Selección de células recombinantes
Además del origen de replicación, los vectores de clonación deben llevar otros genes denominados marcadores, que sirven para identificar las células que contienen el vector de clonación. Se suelen utilizar como marcadores, genes de resistencia a antibióticos y genes de bioluminiscencia.
Genes de resistencia a antibióticos. Sirven para identificar bacterias que contienen el vector de clonación, porque estas bacterias serán resistentes al antibiótico del gen marcador.
Genes de luminiscencia.. En este caso, la célula que contenga el gen que se quiere clonar, tendrá la propiedad de emitir luz, ya que el marcador que se le incorpora determina que se exprese esa característica. Este sistema se emplea cuando la célula hospedadora es una célula eucariota. 


BIBLIOGRAFÍA

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